2004年3月，孔令新离开军区总医院，到昌惠生堂专科医院任男科主任、副院长、总经理，在实践中学习医院经营管理知识，积累实践经验。同时在吉木萨尔县成立积善堂前列腺疾病健康咨询中心，为患者提供咨询和接诊服务。

2006年5月，和新疆中药民族药研究所达成合作协议，租用研究所楼层，成立孔令新中医诊所，作为研究所临床基地，同时将在军总期间取得的科研成果申报院内制剂。

 

2007年6月，首批院内制剂加工出厂，积善堂和乌鲁木齐晚报、晨报、新疆都市报等媒体联合推出“寻找801名前列腺患者”活动，首家开启“免费检查赠药10天；先免费治疗，有效再付费治疗”的营销模式，引起轰动。后一直作为积善堂的特有营销模式延续。

2008年7月，积善堂被《乌鲁木齐晚报》评为“风尚之巅·最具成长潜力企业”荣誉称号。
 
2009年7月，为了寻求新的发展空间，孔令新只身前往深圳考察。
 
2010年10月，积善堂中医诊所搬到新疆医药大厦16楼（自治区药监局办公楼顶楼）继续营业。
 
2011年11月，经过长达1年的考察、试点，积善堂和深圳众生元网络科技公司结成战略合作伙伴，由公司负责开始运营全国市场，并在深圳设立临床诊疗点。
 
2012年1月，积善堂和新疆百姓医院达成合作协议，在该医院设技术合作科室，承接社保住院患者。此外，乌市、吉木萨尔、深圳等各个网点运营情况良好，还开展针对周边国家病人的业务。
 
2012年12月，积善堂开发的利湿养阴胶囊获得国家专利。 

2013年初，积善堂为长远发展，决定在吉木萨尔县建医院基地大楼，得到当地政府的大力支持，特定在吉木萨尔县城的公园和景观带里批了20亩建设用地并经过项目评审。
 
2013年10月，规划建筑面积为17000平方米的医养结合综合楼破土动工。

2014年5月，吉木萨尔积善堂中医诊所升格为积善堂中医医院；同年，深圳积善堂医院投资管理有限公司成立。
 
2014——2015年，随着业务的扩展，为方便外省病人就近诊疗，积善堂分别在郑州、西安、南京增设临床诊疗点。
 
2015年，积善堂养生苑建成；同年，规模化的窖藏基地投入使用。
 
2016年，成立新疆积善堂中医药研究院，独立完成医疗楼的建设。  

2017年10月，医疗楼工程完工，装修完成，达到开业条件。
 
2018年春节后，新疆积善堂中医医院搬迁新址，正式营业；并获得不动产证。

2018年10月，中共吉木萨尔县委员会人才工作领导小组将“孔令新治疗前列腺疾病的高层次人才工作室”这一殊荣授予孔令新院长，并给予了相应的政府资金扶持。
 

2018年12月，由中华书籍出版社统筹的《孔令新话前列腺》一书正式出版。该书全面展示了孔令新对于前列腺疾病进行科研攻关的整个历程。在书中，孔令新第一次面向公众全方位系统介绍“ISA”(渗透、软化、激活)疗法是如何形成并日臻成熟的。
 

2019年1月，积善堂举办“回望11周年中医药发展之路”图片展，香港影视演员李修贤前往参观。
 

2019年6月3日，积善堂中医医院被昌吉回族自治州退役军人事务局评定为 “退役军人就业创业示范基地”。
 

2020年2月，新冠疫情在全国暴发，积善堂中医医院主动请缨，组建了疫情防控队伍，由孔院长带队入驻隔离点川渝大厦，投身到新冠疫情防控工作中。孔院长运用在抗击非典过程中学到的专业知识和经验，建设了标准化的传染病隔离点和操作规范流程，为疫情防控工作树立了标杆，被《人民网》、昌吉州电视台、吉木萨尔县电视台等多家家媒体报道。《吉木萨尔零距离》对积善堂中医院及孔院长治疗前列腺疾病的专科技术做了专题报道。
 

此后的疫情防控期间，积善堂中医医案派出医务人员承担核酸采样、隔离点值守的疫情防控工作，得到了社会各界的一致好评，被当地老百姓称为健康守护神，成为当地家喻户晓的明星企业。
 

 
2021 年1月，孔令新院长在政协吉木萨尔县第十二届委员会中，获评 2020 年度 “五好” 委员。
 

 
2021年7月，孔令新被吉木萨尔县退役军人事务局授予“最美退役军人”荣誉称号。
 

 
2022年下半年，为解决内地患者远赴新疆看病不便的问题，在惠州市惠城区相关部门的政策支持下，“惠州积善堂中医医院”获得立项，项目选址惠城区江北新岗北二路旺岗智慧停车场二楼。
 

 
2023年7月，积善堂获得互联网医院牌照，在国内民营中医医院中率先实现数字化、智慧化。积善堂互联网医院上线，将极大的方便患者就医，尤其是边远地区的患者，足不出户就可以实现远程就诊。
 

 
2023年9月，经过近一年的筹备及建设，惠州积善堂中医医院正式投入运营，经营面积达1100平方米。该医院既是新疆积善堂中医医院位于广东的分院，也是积善堂的第一家分院，为积善堂“立足新疆，辐射全国”迈出了坚实的一步。
 

 
2023年11月，引入上海中医药大学科研团队研发的中医AI机器人，为中国的中医药技术实现标准化，智能化率先做出垂范。
 

 
2023年12月，开业三个月收到患者送来的锦旗13面，为了不给患者增加经济负担，医院发布致谢信，请大家不要再送锦旗，可以多做宣传，让积善堂成为治疗前列腺疾病第一站，帮助更多病友少走弯路，早日康复。
 

 
2014年1月，《前列腺故事汇》播客节目开播，在惠州积善堂中医医院治疗过的患者真人发声，现身说法，在民营医院独树一帜，得到了广大前列腺病友的支持。
 

 
2024年5月，荣获惠州市惠城区护理学会颁发“会员单位”、“爱心单位”和“优秀护理集体”荣誉称号。
 

 
 
2024 年 8 月 30 日，吉木萨尔县积善堂药食同源食品有限公司正式创立，在稳固前列腺专科技术领先地位的基础上，进一步拓展业务，向调理亚健康以及代谢病领域延伸，致力于满足更多群众的健康需求。